Vous êtes une PME innovante qui a généré une créance de crédit d’impôt recherche (CIR) ou innovation (CII). Devez-vous obligatoirement demander son remboursement immédiat, ou pouvez-vous d’abord l’imputer sur vos prochains exercices avant de réclamer le solde ? Et surtout, jusqu’à quand pouvez-vous agir ? Le Conseil d’État vient de clarifier cette question stratégique pour votre trésorerie.
Les faits
L’Institut coopératif du vin (ICV), union de sociétés coopératives agricoles qualifiée de PME au sens du règlement européen n° 651/2014, a engagé des dépenses de recherche et innovation en 2016. Elle disposait d’une créance de CIR/CII de 58 483 euros au titre de l’exercice clos le 30 juillet 2017. Plutôt que de demander son remboursement immédiat, elle a choisi d’imputer cette créance sur les exercices clos les 31 juillet 2018, 2019 et 2020. Le 10 novembre 2020, elle a réclamé la restitution du solde non imputé de 56 356 euros. L’administration fiscale a rejeté cette demande comme tardive, estimant que le délai de réclamation avait expiré. Le tribunal administratif de Montpellier lui a donné raison le 3 juillet 2023, mais la cour administrative d’appel de Toulouse a infirmé ce jugement le 5 juin 2025, ordonnant le remboursement. Le ministre s’est pourvu en cassation.
La décision
Par sa décision n° 506731 du 2 juin 2026, le Conseil d’État, statuant en 8ème et 3ème chambres réunies, a rejeté le pourvoi du ministre. Les juges ont considéré que les dispositions du II-4° de l’article 199 ter B du code général des impôts, qui ouvrent aux PME un droit à la restitution immédiate de leur créance de CIR/CII, n’ont ni pour objet ni pour effet de les priver de la possibilité d’utiliser alternativement cette créance dans les conditions de droit commun prévues au I du même article. Concrètement, une PME peut choisir de ne pas demander le remboursement immédiat, d’imputer sa créance sur les trois exercices suivants, puis de réclamer le solde non imputé dans un délai distinct. Ce délai court jusqu’au 31 décembre de la deuxième année suivant la date limite de dépôt du relevé de solde d’impôt sur les sociétés du dernier exercice d’imputation. La réclamation du 10 novembre 2020 n’était donc pas tardive.
Ce que ça change en pratique
Cette décision consacre une double option procédurale pour les PME en matière de CIR/CII, avec des délais de réclamation différents selon le choix effectué :
- Option 1 : remboursement immédiat. Vous demandez la restitution dès la naissance de votre créance. Le délai de réclamation court alors jusqu’au 31 décembre de la deuxième année suivant celle où le droit à restitution est né.
- Option 2 : imputation sur trois exercices. Vous choisissez d’imputer votre créance sur l’impôt dû au titre des trois exercices suivants, puis de réclamer le solde non imputé. Le délai de réclamation court alors jusqu’au 31 décembre de la deuxième année suivant la date limite de dépôt du relevé de solde IS du troisième exercice d’imputation.
Cette clarification sécurise les PME qui, par stratégie de trésorerie ou par méconnaissance du dispositif, n’ont pas sollicité le remboursement immédiat. Elles peuvent encore réclamer le solde plusieurs années après, à condition de respecter le délai applicable à l’option choisie. C’est une souplesse bienvenue pour optimiser votre gestion de trésorerie en fonction de votre situation fiscale réelle.
Points de vigilance
Attention, cette double option n’est ouverte qu’aux entreprises qualifiées de PME au sens du règlement européen n° 651/2014 : moins de 250 salariés, chiffre d’affaires inférieur à 50 millions d’euros ou bilan inférieur à 43 millions d’euros. Vérifiez votre éligibilité avant d’opter pour l’une ou l’autre voie.
Les deux délais de réclamation ne se confondent pas. Si vous avez demandé le remboursement immédiat, vous devez agir rapidement. Si vous avez choisi l’imputation, le délai est plus long mais court à partir d’un point de départ différent. Documentez votre choix stratégique et coordonnez-le avec votre expert-comptable, notamment si vous avez sollicité un rescrit CIR.
Enfin, cette décision porte sur le délai de réclamation, pas sur l’éligibilité des dépenses. En cas de contrôle fiscal, l’administration pourra toujours remettre en cause la nature ou le montant de vos dépenses de recherche et innovation. Conservez une documentation solide de vos travaux.
À retenir
- Les PME bénéficiaires du CIR/CII disposent d’une double option : remboursement immédiat ou imputation sur trois exercices.
- Chaque option ouvre un délai de réclamation distinct, avec un point de départ différent.
- L’option imputation permet de réclamer le solde plusieurs années après la naissance de la créance.
- La qualification PME (règlement UE 651/2014) conditionne l’accès à cette double option.
- Documentez votre choix et coordonnez-le avec votre stratégie fiscale globale.
Une situation similaire ou une question sur l’optimisation de votre créance CIR/CII ? Les équipes d’Istari Conseil accompagnent les dirigeants de PME innovantes sur ces problématiques fiscales et de trésorerie.